Неправильная расстановка ссылок на сноски – довольно-таки частое явление авторского набора. Автор более озабочен художественными образами, логическими обоснованиями, чем какими-то правилами расстановки сносок. Даже  запятым уделяется большее внимание, так как из-за этого может исказиться смысл, помните: «убить нельзя помиловать».

На рисунке ниже вы видите абзац текста, содержащий нумерацию. Можно предложить, что нумерация сделана вручную, но в данном случае это не так. Нумерация выполнена при помощи… сносок!
— А почему бы  и нет? — подумал хитрый скандинав, норвежец Klaus Nordby. Сносок может быть несколько в абзаце, и  нумеруются они последовательно, причем  при добавлении или удалении нумерация автоматически восстанавливается.  Осталось реализовать это на практике.

Все скрипты Петер Карела (Peter Kahrel), преобразующие постраничные сноски в другие типы (боковые, подколонные, концевые), а также статические концевые в динамические концевые, для сохранения нумерации используют механизм перекрестных ссылок. Поэтому вне зависимости от конечного вида сносок существует единообразный подход к управлению ими: для добавления сноски необходимо набрать ее текст в нужном месте, а затем добавить ссылку на него.

Согласно правилам верстки знаки сносок должны стоять перед знаками точка, запятая, точка с запятой, двоеточие и т.д. Иногда верстальщику  приходится исправлять ошибки неправильного расположения ссылок на сноски, допущенные во время набора текста. Чтобы ускорить процесс такой правки Marc Autret написал скрипт PonctNote.jsx, который предназначен выполнить за вас всю эту работу.

Сравните два варианта оформления сносок в цифровых данных на рисунке ниже.

Не правда ли,  второй вариант выглядит более удачно: не нарушается ритм текста да и сама сноска хорошо акцентирована.
Рассмотрим, как это сделать.

Маргиналии — (лат. marginalis – находящийся на краю) пометки, примечания на полях книги или рукописи.  Заголовки, вынесенные на поля печатного издания (книги, журнала и т.п.)
Вашему вниманию предлагается комплект скриптов по созданию и работе с маргинальными (боковыми) сносками. Используя его вы сможете преобразовывать ваши обычные сноски в маргиналии, добавлять новые маргиналии с автоматической перенумерацией, управлять размером  и их расположением относительно основного текста. На рисунке ниже показан пример разворота с такими сносками.

Когда-то верстальщики называли самыми трудоемкими элементами книги таблицы и сноски. Версия CS2 программы InDesign сделала работу со сносками увлекательным занятием.
Алексей Забусик

Как практикующему верстальщику мне не стыдно признаться в том, что я начал работать в Adobe InDesign CS2 раньше, чем прочитал о новшествах, появившихся в программе. Коллеги меня поймут. По этой причине мое знакомство со сносками (в Adobe InDesign CS этой функции нет) началось с интриги.

Скрипт служит для преобразования полосных сносок в концевые. Проходя по всему материалу (Story), он вырезает текст сносок с низа страниц, перенумеровывает их (если применена постраничная нумерация) и помещает в конец Story. В диалоговом окне скрипта можно задать символьные стили, которые должны быть созданы до запуска скрипта. Первый может быть применен к номерам сноски в тексте, а второй – к номеру сноски в Endnotes.

Endnote – сноска (в конце документа);
Footnote – сноска (обычно на текущей странице).

Всякий раз, когда люди спрашивают, могут ли они создать endnotes в InDesign, я должен повторять ту же самую грустную историю: – у InDesign есть footnotes, но нет endnotes, но вы можете загрузить и использовать плагины… Теперь у меня есть намного лучший ответ – endnotes можно легко создавать в InDesign CS4 с использованием технологии перекрестных ссылок.